W 1956 nastąpiła odwilż polityczna, Antoni Żabko-Potopowicz został kierownikiem Komisji Historii Leśnictwa, która działała przy Polskim Towarzystwie Leśnym. Zastąpił na tym stanowisku prof. Edwarda Więcko, który wyjechał do Kanady na placówkę dyplomatyczną. W tym czasie został wiceprzewodniczącym Komisji Koordynacyjnej do Badań nad Dziejami Wsi, zainicjowana przez prof. Henryka Łowmiańskiego przy Komitecie Nauk Historycznych Polskiej Akademii Nauk. Rok później na wniosek prof. Kazimierza Krysiaka powrócił do pracy na Wydziale Leśnym SGGW-AR, rok później został kierownikiem Zakładu Historii Leśnictwa oraz dyrektorem Biblioteki Głównej SGGW-AR. W 1959 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego oraz został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.
W 1965 przeszedł w stan spoczynku, ale kontynuował pracę naukową. Otrzymał wówczas honorową odznakę Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego, oraz honorową odznakę Polskiego Towarzystwa Leśnego. Dwa lata później za całokształt pracy naukowej uhonorowano go Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, w 1969 SGGW przyznała Antoniemu Żabko-Potopowiczowi złotą odznakę honorową, a pięć lat później otrzymał Medal 30-lecia Polski Ludowej.