do Europejskiego Stowarzyszenia Młodych Geografów i Studentów Geografii (EGEA – European Geography Association) Członkowie Koła zaczęli uczestniczyć w krótkich wymianach z różnymi europejskimi ośrodkami uniwersyteckimi oraz w organizowanych przez EGEA kongresach. W 2002, 2010 oraz 2015 KGUJ było organizatorem międzynarodowego Wschodniego Regionalnego Kongresu EGEA, a w 2007 r. w Ustroniu zorganizowało Kongres Roczny EGEA. W 1996 r. opiekę nad Kołem przejął prof. Bolesław Domański.
Na początku XXI wieku nastąpił wzrost aktywności naukowej, towarzyskiej i organizacyjnej Koła. Uroczyste obchody 120-lecia istnienia Koła oraz organizacja kilku dużych konferencji pomogły zintensyfikować działalność. Dodatkowym pozytywnym impulsem było przeniesienie się w 2005 r., wraz z Instytutem, z budynku przy ul. Grodzkiej (pożegnanego uroczystym balem) do nowej, większej siedziby w III Kampusie UJ, przy ul. Gronostajowej. W 2006 r. KGUJ zorganizowało obchody 125-lecia istnienia z tej okazji wydano książkę dotyczącą historii Koła.W 2006 opiekunem KGUJ został prof. Mirosław Żelazny i pełnił tę funkcję do roku 2022 (chyba xd). Obecnie opiekunem KGUJ jest dr hab. Piotr Kłapyta.