W czasie panowania cesarza Yinzhena (胤禛; pan. 1723–1735) klasztor prowadził mnich Jingfeng. Przeprowadził on wiele restauracyjnych prac w klasztorze. Był on uczniem mistrza Xingmi ze szkoły genxin (Wieczna Prawda) z klasztoru Nanshan w Zhangzhou i równocześnie ze szkoły heyun należącej do tradycji linji. Szkoła ta powstała w okresie dynastii Ming i postępowała za naukami szkoły chan w linii przekazu od mistrza Linji Yixuana z klasztoru Nanshan w Zhangzhou. Jego uczniowie rozprzestrzenili się m.in. na Xiamen, Quanzhou, Tajwan, do Singapuru i na Filipiny. Obecnie Nanputuo jest jednym z ośrodków szkoły heyun tradycji linji.
W 1833 roku, 13 roku panowania cesarza Minninga (旻寧; pan. 1820–1850), spadkobierca w trzecim pokoleniu mistrza Jingfenga - Xingji, zebrał pieniądze na kolejna rozbudowę klasztoru; wtedy wybudowano Budynek Wielkiego Współczucia oraz Wieże Dzwonu i Bębna. Część tych pieniędzy wyżebranych przez tego mnicha została przeznaczona także na okoliczne klasztory.
W roku 1895, 21 roku panowania cesarza Zaitiana (載湉;