Ważnym czynnikiem decydującym o wyborze Jana był fakt jego opozycji wobec kanclerza Metternicha.
Arcyksiążę został tymczasową głową państwa. Utworzył on rząd pod przewodnictwem Antona von Schmerlinga. Nie miał jednak wystarczającego mandatu i poparcia politycznego, aby utrzymać się przy władzy. Po upadku rewolucji marcowej, zrezygnował ze stanowiska pod koniec 1849 roku.
Małżeństwo Łamiąc zasady obowiązujące w rodzinie cesarskiej (małżonki arcyksiążąt musiały być odpowiednio wysoko urodzone), po wielu latach od poznania i latach starań o zgodę cesarza, ożenił się z miłości z córką poczmistrza, (1804–1885). Przydało to arcyksięciu ogromnej popularności. Dzięki staraniom arcyksięcia Anna w 1834 stała się baronową Brandhofen, a w 1850 roku otrzymała tytuł hrabiny von Meran. Para doczekała się jednego syna: (ur. 11 marca 1839, zm. 27 marca 1891) – hrabia von Meran, baron Brandhofen ∞ 1862 hrabianka Teresa von Lamberg (1836–1913)
Przez żonę jego szwagrem był bogaty ziemianin ormiański z Galicji baron Mikołaj Romaszkan, ożeniony z siostrą Anny Teresą.