Zarzucono mu, że wysłał syna do powstańców, że oddział powstańczy zabrał kasę powiatową, że urzędnicy landratury przeszli do obozu kosynierów – a wreszcie, że nie potrafił powstrzymać ruchu rewolucyjnego. Od tego czasu zajął się swoim majątkiem ziemskim po byłym amcie bukowskim w Wielkiej Wsi. Od 1852 roku zajmował się także administracją znacznie zubożonego bukowskiego majątku kościelnego. Dzięki jego staraniom udało się go odtworzyć i uporządkować. Był także prezesem dozoru szkolnego w Buku.
thumb|Nekrolog Franciszka Szuberta. „Dziennik Poznański” R. 1879, nr 75 thumb|Grób Franciszka Szuberta i jego rodziny na cmentarzu przy kościele św. Krzyża w Buku Franciszek Szubert był szanowanym obywatelem i gorącym patriotą. Jego praca w gospodarstwie była dla wszystkich przykładem umiłowania ziemi. Wielokrotnie sprzeciwiał się sprzedaży polskich gospodarstw i przekazywaniu ich w obce ręce. Jak mawiał: Polska nie da się odbudować na gwiazdach ani obłokach, ale stać musi na ziemi.
Zmarł w swoim majątku w Wielkiej Wsi. Został pochowany 3 kwietnia 1879 roku w istniejącym do dziś grobie rodzinnym na cmentarzu przy kościele św. Krzyża w Buku. W pogrzebie uczestniczyła ogromna rzesza ludzi z miasta, a także bliskich i dalszych okolic. Nabożeństwu żałobnemu przewodniczył ks.