Po śmierci podprefekta Żółtowskiego, w 1818 roku objął funkcję zastępcy kórnickiego radcy ziemskiego.
W 1830 roku został przeniesiony do Buku w celu uporządkowania zaniedbanej registratury powiatowej. Po odwołaniu landrata Główczewskiego i przy wsparciu tutejszych ziemian, już w następnym roku awansował na urząd bukowskiego radcy ziemskiego. W 1840 miał szansę na przeniesienie na podobny urząd do Środy. Zrezygnował jednak z tej intratnej posady na rzecz Buku. W tym czasie władze Wielkiego Księstwa Poznańskiego wzmogły nacisk germanizacyjny. Było to efekrem antypolskiej polityki ówczesnego nadprezydenta E.H.Flottwella. To on wytknął Szubertowi i jego żonie Katarzynie ich polskie pochodzenie. Współpracując z płk. Andrzejem Niegolewskim, Wiosną 1848 roku Szubert zaangażował się w przygotowania do wyborów samorządowych. 26 kwietnia w czasie zebrania przedwyborczego w Lwówku został zaatakowany przez tłum rozwścieczonych Niemców i z trudem uszedł z życiemJ. Kozłowski, Niemcy w poznańskiem wobec Wiosny Ludów 1848–1850, Poznań 2009, s. 219-220.. Kilka dni później po krwawych zamieszkach, które miały miejsce w Buku 3 i 4 maja 1848 roku, Szubert został zmuszony do odejścia z zajmowanego stanowiska.