W XVIII wieku opisano świątynię jako obiekt bogato wyposażony, wskazano również, że w budynku znajdował się dzwon ze starą inskrypcją. W cerkwi przechowywano znaczną liczbę ikon, z czego 45 było nowymi obrazami unickimi, a 24 – starszymi prawosławnymi („moskiewskimi”). Przed 1727 do obiektu wstawiono drewniany i złocony ołtarz główny wykonany według łacińskiej tradycji, w którym początkowo znajdowało się przedstawienie Koronacji Najświętszej Maryi Panny, a po 1804 – Trójcy Świętej. Przed 1759 do świątyni wstawiono nowy ikonostasJ. Tomalska, Unickie ikony na Podlasiu w XVII–XVIII wieku, [w:] Śladami unii brzeskiej, Lublin – Supraśl 2012, s.570–572, dostęp online.
Cerkiew z XIX w. Cerkiew unicka mały|200px|Widok XIX-wiecznej cerkwi w Czyżach na tablicy informacyjnej przy nowej świątyni (ilustracja po lewej) Nową świątynię unicką w Czyżach zbudowano w I połowie XIX w. (być może była to tylko gruntowna przebudowa starszego obiektu sakralnego). Do nowej budowli przeniesiono wyposażenie starej, które po części prawdopodobnie pochodziło jeszcze z pierwszej cerkwi prawosławnej (carskie wrota mogły zostać wykonane w XVI w.), po części zaś powstało już w okresie unickim. W XIX w. połowa dawnych carskich wrót służyła jako podobrazie wizerunku św. Tomasza.