W 1808 do cerkwi uczęszczało 1569 osób. Od 1828 świątynia podlegała unickiej diecezji litewskiej. Do 1838 liczba parafian wzrosła do 2473 osób.
W latach 30. XIX w. na polecenie konsystorza diecezji litewskiej, kierowanego przez biskupa Józefa Siemaszkę, z cerkwi usunięto elementy wyposażenia pochodzenia łacińskiego, zastępując je typowymi utensyliami prawosławnymi. Przygotowywano w tej sposób konwersję całej placówki duszpasterskiej (podobnie jak pozostałych parafii unickich na Podlasiu) na prawosławie. W 1835 w budynku znajdował się zgodny z tradycją prawosławną ikonostas, stół ofiarny i ołtarz. Przy konstruowaniu nowego ikonostasu wykorzystano, zgodnie z osobistą sugestią Józefa Siemaszki, starsze ikony Ewangelistów, św. Michała Archanioła i św. Szczepana, do których dołączono nowe wizerunku Chrystusa i Matki Bożej oraz obraz Ostatniej Wieczerzy. Nowe ikony napisał Mojżesz Michnow. Prace przy ikonostasie były współfinansowane przez państwo rosyjskie, przekazano na ten cel dotację w wysokości 237 rubli 20 kopiejek.
W XVIII w. do cerkwi w Czyżach wstawiono organy. Zostały one zdemontowane w 1837.