W niepodległej Polsce cerkiew w Czyżach zachowała status świątyni parafialnej. W 1924 była jedną z dziewięciu takich placówek w dekanacie bielskimS. Borowik, Po powrocie, cz. III, „Przegląd Prawosławny”, nr 7 (253), lipiec 2006.. W latach 30. XX wieku liczbę wiernych uczęszczających do cerkwi oszacowano na 2 tys. osób.
Cerkiew razem z całym wyposażeniem została zniszczona przez pożar (powstały najpewniej wskutek podpaleniaA. Matreńczyk, Z Dasz batiuszka nasz, „Przegląd Prawosławny”, nr 11 (209), listopad 2002.) w nocy z 28 na 29 sierpnia 1984. Z przedmiotów znajdujących się w świątyni przetrwał jedynie stopiony fragment dzwonu oraz dwa Ewangeliarze z 1862. Na miejscu spalonej budowli powstała murowana cerkiew pod tym samym wezwaniem.
Architektura Wyposażenie cerkwi Malowidła ścienne Na stropie czyżowskiej cerkwi znajdowało się XIX-wieczne malowidło przedstawiające Adorację Trójcy Świętej wykonane przez anonimowego twórcę ludowego. Postacie Boga Ojca i Jezusa Chrystusa wspierały się na kuli ziemskiej, natomiast ponad nimi unosił się Duch Święty w postaci gołębicy. Całą grupę otaczały postacie aniołów, którym autor nadał się nadać cechy indywidualne.