W związku z tym 19 listopada 1838 budynek został otwarty przez wyznaczonych żołnierzy; cztery dni później klucze podrzucono pod budynek cerkiewny, co miało pozwolić na zakończenie prowadzonego w tej sprawie śledztwa (sprawą zajmował się Korpus Żandarmów przy sztabie obwodu białostockiego) bez ustalania winnych. Nowy proboszcz czyżowskiej parafii Filip Szeszko (wcześniej jej wieloletni wikariusz) w 1839 zadeklarował zgodę na przyjęcie prawosławia. Doszło do tego w 1839, na mocy postanowień synodu połockiego, który zlikwidował Kościół unicki na Podlasiu, Litwie i Białorusi, przyłączając jego struktury do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.
Cerkiew prawosławna W 1889 cerkiew w Czyżach gruntownie wyremontowano i rozbudowano o przylegającą do przedsionka dzwonnicę (do tej pory istniała dzwonnica wolno stojąca). Na początku XX wieku liczbę miejscowych wiernych szacowano na blisko 2 tys. osób. Niemal wszyscy parafianie udali się w 1915 na bieżeństwo. Świątynia została porzucona. Gdy w 1918 do Czyż wrócił prawosławny duchowny, ks. Leonid Naumow, stwierdził, że budynek miał uszkodzony dach i wymagał renowacjiS. Borowik, Po powrocie, cz. I, „Przegląd Prawosławny”, nr 5 (251), maj 2006..