Mechanizm Niedawno zostały opisane funkcje reszt aminokwasowych miejsca aktywnego ludzkiej galaktokinazy. Reszta Asp-186 oddziela proton od grupy C1-OH α-D-galaktozy, czego następstwem jest nukleofilowy atak alkoholanu na resztę γ-fosforanową ATP. Grupa fosforanowa łączy się z cukrem i Asp-186 może być deprotonowana przez wodę. Arg-37 stabilizuje anioniową formę Asp-186 oraz może mieć również zasadnicze znaczenie dla aktywności galaktokinazy. Zarówno reszta kwasu asparaginowego, jak i argininy miejsca aktywnego galaktokinaz są wysoce konserwatywne. thumb|center|600px|Prawdopodobny mechanizm działania galaktokinazy. Reszta asparaginianowa jest stabilizowana w formie anionowej w pobliżu reszty argininy. thumb|Sieć krystaliczna miejsca aktywnego galaktokinazy wyizolowanej z Lactococcus lactis. Galaktokinaza jest przedstawiona na zielono, fosforan na pomarańczowo, a reszta odpowiedzialna za wiązanie cukrowego ligandu na purpurowo: Arg-36, Glu-42, Asp-45, Asp-183 i Tyr-233. Arg-36 i Asp-183 galaktokinazy Lactococcus lactis są analogami do Arg-37 i Asp-186 w cząsteczce ludzkiej galaktokinazy.