Po zakończeniu wojny Manolis Glezos był jednym z głównych działaczy partii komunistycznej, a od 1947 roku redaktorem partyjnej gazety „Rizospastis”. 3 marca 1948 roku został aresztowany jako więzień polityczny, a w czerwcu 1948 roku i lutym 1949 roku był skazywany na karę śmierci. Z powodu protestów społecznych wyroku nie wykonano, a w 1950 roku zamieniono mu orzeczoną karę na dożywotnie pozbawienie wolności. W czasie jej odbywania w 1951 roku został wybrany do greckiego parlamentu z ramienia Zjednoczonej Lewicy Demokratycznej (EDA). W więzieniu podjął strajk głodowy, domagając się zwolnienia innych więzionych parlamentarzystów, w efekcie czego siedmioro z nich zostało uwolnionych.
Manolis Glezos został zwolniony 16 lipca 1954 roku. W 1957 roku odwiedził ZSRR. Od lipca 1956 roku był sekretarzem Zjednoczonej Lewicy Demokratycznej, a także redaktorem partyjnej gazety „I Avgi”. 5 grudnia 1958 roku został kolejny raz aresztowany, a w lipcu następnego roku rozpoczął się jego proces, w którym zarzucono mu współpracę z obcymi wywiadami. Został wówczas skazany na pięć lat pozbawienia wolności i nakaz opuszczenia kraju na cztery lata.