14 czerwca 1941 439 estońskich Żydów zostało wysiedlonych (wraz z Estończykami i przedstawicielami innych narodowości) w oddalone regiony Związku Radzieckiego. Liczba wysiedlonych stanowiła 10% całej ówczesnej żydowskiej ludności Estonii. W ujęciu procentowym ludność żydowska ucierpiała w wyniku radzieckich represji nawet bardziej niż Estończycy. Część skazanych na zesłanie Żydów uniknęła późniejszej zagłady z rąk okupantów niemieckich, który to los przypadł w udziale ich pobratymcom, część jednak poniosła śmierć w radzieckich więzieniach i obozach.
Przebieg Holocaustu Holocaust w Estonii dzielony jest na trzy etapy: zagłada miejscowych Żydów (sierpień 1941 – styczeń 1942); egzekucje Żydów zwożonych do Estonii z innych państw (wiosna 1942 – wiosna 1943, przeprowadzane głównie w Kalevi-Liiva); wykorzystywanie zwożonych do Estonii Żydów do prac przymusowych w obozach koncentracyjnych na północnym wschodzie kraju oraz następująca po nich fizyczna likwidacja (wiosna 1943 – wiosna 1944).