Niemiecka okupacja 22 sierpnia 1941 niemieckie wojska rozpoczęły okupację Estonii i zajęły ją w całości na początku września. Do tego czasu około 2–3 tys. estońskich Żydów (około ⅔ żydowskiej ludności Estonii) zdołało ewakuować się w głąb ZSRR. Dane Sicherheitspolizei mówią o tym, iż w okupowanej Estonii pozostało 921 Żydów (468 mężczyzn i 453 kobiety), raporty Einsatzgruppen mówiły zaś o 963 osobach; według współczesnych historyków liczba ta wynosiła od 950 do 1 tys. osób.
Pozostający nadal w Estonii Żydzi zamieszkiwali przede wszystkim w Tallinnie, Tartu oraz Parnawie. Według Antona Weiss-Wendta na podjętą przez nich decyzję o pozostaniu w Estonii wpłynęło kilka czynników, takich jak słabe rozeznanie w kwestii prześladowania Żydów przez nazistów oraz pamięć o czasach I wojny światowej, w czasie której Niemcy traktowali Żydów zupełnie poprawnie. Niektóre ofiary stalinowskich represji uważały nawet, iż nadejście Niemców może wyłącznie poprawić ich sytuację.
11 września 1941 władze niemieckie wydały postanowienie dotyczące ograniczenia praw Żydów. Ludność ta została zobowiązana do noszenia na odzieży emblematu w formie żółtej gwiazdy, nie miała prawa do przemieszczania się środkami transportu publicznego, uczęszczania do szkół, chodzenia chodnikami.