Po raz kolejny wystąpił w meczu gwiazd, w 1995 roku. Rok później został sprzedany do New York Knicks, gdzie zakończył swoją sportową karierę w 2001 roku, docierając po drodze do finału NBA w 1999 roku. Z powodu braku kontuzjowanego Patricka Ewinga, Knicks nie mogli nawiązać wyrównanej walki ze Spurs i ich „Twin Towers”, przegrywając ostatecznie w stosunku 1-4. Na rozwój tamtego finału niemały wpływ miał również fakt, iż Johnson borykał się już od kilku sezonów z olbrzymimi bólami pleców, które uniemożliwiały mu niekiedy grę, z tego powodu zdecydował się zakończyć przedwcześnie swoją karierę.
Osiągnięcia Na podstawie, o ile nie zaznaczono inaczej. NJCAA Koszykarz Roku NJCAA Division I (1988, 1989) Zaliczony do I składu NJCAA All-American (1988, 1989)
NCAA Mistrz: NCAA (1990) turnieju konferencji Big West (1990, 1991) sezonu zasadniczego Big West (1990, 1991) Uczestnik NCAA Final Four (1990, 1991) Koszykarz Roku: NCAA: im. Naismitha (1991) im.