miejscowi parafianie wywieźli je z miasta, by uchronić je przed zniszczeniem lub konfiskatą przez żołnierzy radzieckich. Również w czasie II wojny światowej cerkiew w Narojkach nie poniosła strat. Już po zakończeniu konfliktu znacznie spadła natomiast liczba uczęszczających do niej wiernych. Było to wywołane wyjazdami ludności prawosławnej (białoruskiej) do ZSRR i migracją do miast. W latach 60. XX wieku cały obiekt został wyremontowany. Wzniesiono wówczas nową dzwonnicę, zastępując zniszczoną drewnianą konstrukcję, a teren cerkiewny otoczono nowym ogrodzeniem. W 1975 rozebrano drewniany przedsionek cerkiewny i zbudowano na jego miejscu murowany, z chórem wewnątrz. W końcu stulecia dach świątyni został pokryty cynkową blachą. Po II wojnie światowej parafia w Narojkach znalazła się w granicach diecezji warszawsko-bielskiej.
Architektura Bryła budynku mały|Cerkiew od strony południowej Cerkiew w Narojkach jest budowlą kamienną, murowaną, orientowaną, trójdzielną. Jedyna nawa cerkiewna została zbudowana na planie prostokąta zbliżonego do kwadratu z aneksami absydowymi od północy i południa. Zarówno pomieszczenie ołtarzowe, jak i przedsionek są niższe i węższe od nawy. Przedsionek i aneksy są otwarte do nawy półkolistymi arkadami.