W 1908 w budynku cerkwi wybuchł pożar, nie powodując jednak znaczniejszych strat. Działalność miejscowej parafii załamała się w 1915, gdy miejscowa ludność udała się na bieżeństwo. Po I wojnie światowej władze państwowe nie zgodziły się na utrzymanie przez cerkiew w Narojkach statusu parafialnej, zezwalając natomiast na jej otwarcie jako filii parafii w Siemiatyczach, w strukturach diecezji warszawsko-chełmskiej. Opuszczony w latach wojny budynek świątyni nie został uszkodzony. Cudowną ikonę wierni zabrali ze sobą do Rosji, po ich powrocie wizerunek ponownie znalazł się w cerkwi. W 1929 Kościół katolicki sądownie ubiegał się o rewindykację cerkwi w Narojkach jako położonej na miejscu pounickiej budowli sakralnej, jednak sąd odrzucił roszczenie.

Od 1941 do końca II wojny światowej w cerkwi przechowywane były ikony ze świątyni w Drohiczynie;