Narodziny Drugiej Republiki 1 listopada 1976 prezydent Micombero został obalony przez wojskowy zamach stanu. Władzę w państwie przejęła Najwyższa Rada Wojskowa, na której czele stał podpułkownik Jean-Baptiste Bagaza. Bezkrwawy pucz sprawiał z pozoru wrażenie klasycznego przewrotu pałacowego, gdyż nowy prezydent był kuzynem Micombero, wywodzącym się podobnie jak on z podgrupy Tutsi-Hima. Szybko okazało się jednak, iż nowy reżim zmierza do gruntownej przebudowy państwa i społeczeństwa, czego oficjalnym symbolem stało się uchwalenie nowej konstytucji (listopad 1981). Czasy rządów Bagazy (1976–1987) znane są odtąd w historii Burundi jako okres tzw. Drugiej Republiki.

Upadek skompromitowanego ludobójstwem reżimu Micombero powitano z ulgą zarówno w Burundi, jak też poza granicami kraju. Zamach stanu życzliwie przyjął również Kościół rzymskokatolicki, którego biskupi w liście pasterskim z grudnia 1976 życzyli nowemu rządowi „wszelkich sukcesów” oraz zapewnili o swoim „pełnym poparciu dla jego wysiłków”. Krótkotrwałe nadzieje, jakie wzbudziły narodziny Drugiej Republiki, związane były z faktem, iż w początkowym okresie swoich rządów Bagaza podjął szereg działań świadczących pozornie o dążeniu do załagodzenia rozdzierających kraj antagonizmów etnicznych. Sztandarowym hasłem reżimu stała się „jedność narodowa”.