Wiosną 1940 został przetransportowany do Katynia i rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Został pochowany na terenie obecnego Polskiego Cmentarza Wojennego w Katyniu, gdzie w 1943 jego ciało zidentyfikowano podczas ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 953. Przy zwłokach Borysa Fournier zostały odnalezione m.in. legitymacja oficerska, legitymacja Orderu Virtuti Militari, karta szczepień.
W 1944 jego żona oraz synowie i córka brali udział w powstaniu warszawskim.
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 534 – 28 lutego 1921Dekret Wodza Naczelnego L. 2647 z 28 lutego 1921 r. Dziennik Personalny z 1921 r. Nr 11 poz. 326
Upamiętnienie 5 października 2007 roku Minister Obrony Narodowej Aleksander Szczygło awansował go pośmiertnie do stopnia podpułkownikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 roku w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON..