Poglądy filozoficzne W polemice z Ormianami Eustracjusz dał wyraz chrystologii zbliżonej do ujęcia Teodora z Mopsuestii. Uznawał, że człowieczeństwo przyjęte przez Chrystusa nie tylko różniło się od Jego bóstwa, lecz było w stosunku do niego służebne: czciło Boga, było oczyszczone. Eustracjusz tylko człowieczeństwu Chrystusa przyznawał ludzki tytuł arcykapłana, nieodpowiedni jego zdaniem dla Boga. Poglądy te stały się przyczyną jego potępienia na synodzie w 1117 r., który powtórzył decyzje piątego soboru wymierzone przeciw chrystologii Trzech Rozdziałów.
Epistemologia W interpretacji dzieł Arystotelesa, Eustracjusz idzie za filozofami neoplatońskimi, choć w niektórych miejscach, odbiega od poglądów starożytnych, starając się uzgodnić je ze swoimi przekonaniami chrześcijańskimi. Na przykład, w kwestii poznania pierwszych zasad, Eustracjusz różni się zarówno od tego, co na ten temat twierdził Platon i platonicy, jak i Arystoteles. Komentując Analityki wtóre 2.19, Eustracjusz rozpoczyna w stylu wyraźnie neoplatońskim, twierdząc, że skoro w hierarchii bytów dusza przychodzi po intelekcie, uczestniczy tym samym bardziej niż cokolwiek innego w tym co ujmuje intelekt, a zatem wspólne i oczywiste pojęcia, które posiada są tylko odbiciem, tego co ujmuje intelekt.