Dało mu to nominacje i nagrody dla najlepszego trenera, zarówno na poziomie regionalnym, jak i krajowym.

W latach 2001–2003 znajdował się również w sztabie szkoleniowym All Blacks, którzy w tym czasie odzyskali Bledisloe Cup oraz dwukrotnie zwyciężyli w Pucharze Trzech Narodów. Spośród dwudziestu siedmiu spotkań tylko cztery zostały przegrane, jednak jedną z nich była porażka z Wallabies w półfinale Pucharu Świata 2003, po której pracę stracił zarówno John Mitchell, jak i jego asystenci. Cztery lata później zgłosił swoją kandydaturę na stanowisko selekcjonera kadry, posadę tę utrzymał jednak Graham Henry.

Deans zatem stanął wówczas do organizowanego po zakończeniu kadencji Johna Connolly’ego konkursu na trenera australijskiej reprezentacji i w połowie grudnia 2007 roku podpisał czteroletnią umowę zostając tym samym pierwszym w historii zagranicznym szkoleniowcem Wallabies. W 2011 roku doprowadził kadrę do pierwszego od dziesięciu lat triumfu w Pucharze Trzech Narodów oraz do trzeciego miejsca w Pucharze Świata, a jego kontrakt został przedłużony do końca roku 2013. Seria testmeczów podczas tournée British and Irish Lions 2013 zakończyła się porażką Australijczyków, toteż Deans złożył wypowiedzenie na pół roku przed upływem ważności umowy po siedemdziesięciu czterech spotkaniach na jej czele.