Zakonnicy prudnickiego konwentu pozostali w nim przez cały okres II wojny światowej.
Od marca do maja 1945 leśny klasztor znajdował się na linii frontu. W tym okresie przebywali w klasztorze niemieccy uciekinierzy oraz żołnierze. 22 marca z klasztoru wycofali się żołnierze niemieccy, a już 10 minut po nich zjawili się Rosjanie. W tym czasie w budynek klasztorny trafiło 25 pocisków artyleryjskich. Ponadto cztery trafiły w dach kościoła, którego nie przebiły. W nocy z 22 na 23 marca 1945 roku w Prudniku–Młynie Czyżyka żołnierze Armii Czerwonej zabili dwóch polskich zakonników klasztoru: Jerzego Simona i Wojciecha Mrosika.
Czasy polskie mały|lewo|Cela Stefana Wyszyńskiego mały|lewo|Pomnik upamiętniający Stefana Wyszyńskiego W 1945 zakonnicy przystąpili do obudowy klasztoru. 1 października 1954 zarządzeniem Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Opolu z dnia 30 września 1954 klasztor przeszedł pod zarząd wojska. Zakonnicy w ciągu dwóch godzin musieli opuścili klasztor uchodząc do klasztoru w Borkach Wielkich.