Po opuszczeniu klasztoru przez franciszkanów przystąpiono do prac adaptacyjnych, związanych z zamianą funkcji klasztoru na miejsce internowania prymasa Stefana Wyszyńskiego. Po wywiezieniu prymasa Wyszyńskiego, wojsko w kooperacji z Ministerstwem Zdrowia przystąpiło do przeprowadzenia szeregu prac adaptacyjnych, których celem było zamienienie obiektu na wojskowe prewentorium dziecięce.
29 grudnia 1956 przybyły do klasztoru komisje WRN i ministerstw i dekretem Prezydium WRN z 31 grudnia 1956 postanowiono zwrócić obiekt franciszkanom. Z polecenia o. prowincjała Ambrożego Lubika 4 stycznia 1957 przybyli do klasztoru trzej franciszkanie, którzy przygotowali kaplicę i cele zakonne oraz postawili ołtarz. 12 maja 1957 kapituła powołała o. Oswalda Otrząska na przełożonego klasztoru, który zajął się odbudową klasztoru i odszukaniem rozgrabionego wyposażenia. Odnaleziono wszystko poza obrazem św. Józefa, ławkami kościelnymi i szafami z zakrystii, odnowiono kościół i klasztor, odbudowano ołtarz w Grocie Lurdzkiej. Po trzech latach pracy klasztor i kościół odzyskał dawny blask. Proces odnowy klasztoru trwa nadal.