Okres studiów thumb|240px|Pierwsze fascynacje biologią – pantofelek i in. John Saunders rozpoczął pracę w State Hospital jesienią 1936 roku, nie wiedząc wówczas, jaki wybierać kierunek studiów. Jego opiekunem na University of Oklahoma został prof. Audie Richards, dziekan Wydziału Zoologii, co było przypadkowe. Świadomą decyzję o kontynuowaniu nauki w dziedzinie biologii Saunders podjął dopiero wtedy, gdy pierwszy raz obejrzał pod mikroskopem orzęski i ameby oraz wziął udział w pobieraniu próbek do badań (zajęcia terenowe).
Studia wymagały intensywnego uzupełniania braków we wcześniejszym wykształceniu. Mimo trudności (opieka nad chorymi psychicznie w State Hospital od 22:00 do 2:00) John Saunders otrzymał B.A. na wysokiej pozycjiCytat z wywiadu (2002): Any college student who studies four hours every night should be able to earn good grades., zostając członkiem Phi Beta Kappa Society. W roku 1940 uzyskał Masters degree (odpowiednik stopnia magister) na podstawie pracy nt. „Aberrant Mitosis in the Amnion of the Guinea Pig” i złożył aplikacje o przyjęcie na studia podyplomowe do uniwersytetów Duke'a, Hopkinsa i Harvarda. Po uzyskaniu akceptacji każdego z tych zgłoszeń, wybrał Uniwersytet Johnsa Hopkinsa, w którym oferowano najwyższe stypendium.