Radykałowie Tutsi byli przeciwni jakimkolwiek ustępstwom na rzecz Hutu, podczas gdy ekstremiści Hutu odrzucali każdy kompromis, który nie gwarantował ich rodakom pełnej i niepodzielnej władzy w państwie.
Sytuacja polityczna w przededniu kryzysu 10 marca 1989 pięciu oficerów armii oraz pięciu cywilów zostało aresztowanych pod zarzutem przygotowywania zamachu stanu. Pięć dni później pod tym samym zarzutem aresztowanych zostało kolejnych dziewięciu wojskowychOstatecznie żaden z zatrzymanych nie stanął przed sądem. W sierpniu 1990 wszyscy zostali uwolnieni na mocy amnestii. Patrz: .. Wszyscy zatrzymani wywodzili się z Tutsi i należeli do klanu Bayanzi – tego samego, do którego należał obalony przez Buyoyę prezydent Jean-Baptiste Bagaza. Prawdopodobnie głównym celem domniemanego spisku było umożliwienie byłemu prezydentowi powrotu do władzy – choć przynależność klanowa pokrywała się również w tym wypadku z podziałem wzdłuż linii „umiarkowani” – „ekstremiści”. Ze względu na fakt, iż po utracie władzy Bagaza znalazł azyl w Libii, pojawiły się podejrzenia, iż spiskowców wspierały tajne służby Mu’ammara al-Kaddafiego. W rezultacie rząd Burundi nakazał personelowi libijskiej ambasady opuszczenie kraju w ciągu 48 godzin.