Funkcję tę pełnił do 15 kwietnia 1940 r.
23 sierpnia 1939 r. został zmobilizowany jako podporucznik rezerwy bez funkcji i udał do Dęblina. Jego jednostka została przemieszczona na wschód, gdzie po 17 września ulega rozwiązaniu.
Po powrocie do Warszawy, od października 1939 r. przystąpił do intensywnego remontu szkoły na ulicy Polnej, poważnie uszkodzonej w czasie wrześniowych działań wojennych. W krótkim czasie, przy pomocy rodziców uczniów doprowadza ją do rozpoczęcia zajęć. 10 Listopada 1939 r. w ramach masowych aresztowań przedstawicieli polskiej inteligencji, został w czasie porannego apelu szkolnego aresztowany przez Gestapo jako zakładnik i osadzony na Pawiaku. Większość zakładników została zwolniona w 11 kwietnia 1940 r., Leon Zygmunt Usarek wraz z profesorem Kasprzykiem i Maciejewskim oraz kilku innymi profesorami – 5 kwietnia 1940 r.
Niemal natychmiast po zwolnieniu z Pawiaka, Leon Zygmunt Usarek przystąpił do aktywnego organizowania tajnych kompletów i 15 maja objął kierownictwo tajnego Gimnazjum i Liceum im. Władysława IV. Sieć tajnych kompletów objęła wkrótce całą Pragę – od dalekiego Grochowa, aż po Nowe Bródno i krańce Pelcowizny. Tajne nauczanie było prowadzone do 14 września 1944 r., do momentu zajęcia Pragi przez Armię Czerwoną.