Od połowy października 1943 r. rodzina Usarków ukrywała w swoim mieszkaniu przy ulicy Siedleckiej 29 m. 3 żonę ich przyjaciela, profesora Oskara Bartla – Żydówkę, panią Zofię Bartel, posługującą się fałszywymi papierami na nazwisko Jadwigi Idzikowskiej.
11 kwietnia 1944 r., cała rodzina Usarków została aresztowana w związku z tzw. „sprawą Ziutka” Józefa Szczepańskiego. 24 maja 1944 r. wysłano Leona Zygmunta Usarka do obozu koncentracyjnego Stutthof. Po kilku miesiącach przeniesiony został do Hagerwelle Pölitz.
1 maja 1945 r., gdy uchodząc przed Armią Czerwoną, Niemcy ewakuowali obóz i pędzili piechotą więźniów na zachód w „marszu śmierci”, udało mu się zbiec z kolumny ewakuacyjnej i 25 maja 1945 r. wrócić do Warszawy.
1 czerwca 1945 r. L.Z. Usarek ponownie objął z rąk Franciszka Sparrowa stanowisko dyrektora VIII Państwowego Gimnazjum i Liceum im. Władysława IV, który pod jego nieobecność sprawował funkcję dyrektora. Funkcję tę pełnił do grudnia 1948, gdy został natychmiastowo zwolniony na podstawie pomówienia. Od 1 lutego 1949 r. pracował jako szeregowy nauczyciel w IX Państwowym Liceum Ogólnokształcącym dla Pracujących im. Ignacego Daszyńskiego.