Został wybrany na członka Polskiego Towarzystwa Pediatrycznego (1986), Polskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka (1997) i (1990). Został też członkiem , którego w latach 2003–2004 był wiceprzewodniczącym. W 2008 został wybrany na członka korespondenta Polskiej Akademii Umiejętności, w 2020 został wybrany na jej członka czynnego. Został wybrany na wicedyrektora Wydziału V Lekarskiego PAU, a w 2021 na dyrektora tegoż Wydziału. W grudniu 2021 został wybrany na członka korespondenta Polskiej Akademii Nauk. Został wybrany w skład Rady Kuratorów Wydziału V Nauk Medycznych Polskiej Akademii Nauk na kadencję 2023–2026. W 2023 został wybrany na członka Academia Europaea.
thumb|250px|Marek Sanak (2015)
W 2003 wszedł w skład Rady Naukowej Instytutu Farmakologii PAN. W 2006 został wybrany do Rady Naukowej School of Medicine in English Collegium Medicum UJ. W 2007 został członkiem Komitetu Nauk Fizjologicznych i Farmakologicznych Polskiej Akademii Nauk (jego członkostwo zostało przedłużone na kolejne kadencje). W tym samym roku został członkiem Interdyscyplinarnego Centrum Bioetyki UJ. W lipcu 2020 wszedł w skład Komitetu Sterującego Centrum Rozwoju Terapii Chorób Cywilizacyjnych i Związanych z Wiekiem Collegium Medicum UJ. W tym samym roku wszedł w skład zespołu koordynującego program Inicjatywa Doskonałości na UJ.