Praca zawodowa W 1950 rozpoczął pracę w Dolnośląskiej Stacji Terenowej Instytutu Geologicznego we Wrocławiu, gdzie od 1953 do 1962 pełnił funkcję kierownika Pracowni Geochemii i Petrografii. W 1957 został mianowany adiunktem, a w 1962 otrzymał stopień doktora na podstawie pracy Geochemiczne profile w okolicy Radzimowic na Dolnym Śląsku. Promotorem był prof. dr Antoni Polański z Uniwersytetu Warszawskiego, a recenzentami prof. dr Antoni Morawiecki z Instytutu Geologicznego i prof. dr Kazimierz Smulikowski z U.W.

Zainteresowania naukowe Henryka Pendiasa skupiały się na geochemii i mineralogii granitoidów i skał wulkanicznych masywu Strzegomskiego gór Sudeckich. Poza tym badał zawartość pierwiastków śladowych w popiołach węgli warstw wałbrzyskich i białokamieńskich.

W 1962 otrzymał nominację na stanowisko kierownika Zakładu Geochemii I.G. w Warszawie, które utrzymał do czasu przejścia na emeryturę w 1990. Brał udział w licznych kongresach geologicznych, krajowych i zagranicznych.