W 1993 otrzymał tytuł Honorowego Członka Polskiego Towarzystwa Mineralogicznego, w uznaniu jego zasług w założeniu i działalności tego Towarzystwa. Był członkiem Związku Zawodowego Górników i pełnił różne społeczne funkcje w Radzie Zakładowej ZZG I.G. oraz w Stronnictwie Demokratycznym, które nadało mu w 1988 godność Zasłużonego Członka. Był również członkiem Rady Naukowej Instytutu Geochemii i Mineralogii U.W. w latach 1973 do 1980 oraz członkiem Komisji Nauk Mineralogicznych PAN w latach 1980–1984.
Otrzymał liczne wyróżnienia oraz 9 odznaczeń, z których należy wymienić Srebrny Krzyż Zasługi (1961), Złoty Krzyż Zasługi (1970), Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (1975), Odznakę Zasłużony dla polskiej geologii (1981) i Medal 40-lecia Polski Ludowej (1985).
Henryk Pendias jest pochowany na Cmentarzu Parafialnym w Puławach.
Jego dorobek naukowy obejmuje około 100 opracowań archiwalnych i publikowanych. Największe opracowanie, to opracowany wspólnie z prof. Wacławem Ryką Chemizm skał magmowych Polski w ujęciu regionalnym i genetycznym (1981). Poza tym był współautorem z żoną, Aliną Kabata-Pendias, następujących siedmiu książek i dwóch rozdziałów w książkach: