Zbiory obejmują szeroką gamę tematyczną, od dzieł liturgicznych, teologicznych i patrystyki oraz tzw. godzinek, po księgi reguł zakonnych i zobowiązań klasztornych, księgi rodzinne oraz w mniejszej ilości kodeksy z utworami literackimi i pismami prawniczymi. Do najcenniejszych rękopisów iluminowanych w zbiorach Biblioteki Narodowej Portugalii należą: Biblia Cervera – XIII-wieczna Biblia hebrajska, będąca przykładem wysokiego kunsztu miniatorskiego Josepha Asarfatiego, powstała w latach 1299–1300; Godzinki królowej Eleonory z około 1470, ozdobione przez Willema VrelantaGodzinki w zbiorach biblioteki; atlas Fernão Vaz Dourada z 1576 roku, zawierający 17 iluminowanych map; Descrição da fortaleza de Sofala e das mais da Índia z 1636 roku autorstwa Antónia Mariza Carneiry z 48 planami wykonanymi akwarelą.
Archiwa Biblioteka Narodowa Portugalii posiada dwa rodzaje archiwum: Archiwum Historyczne i Archiwum Portugalskiej Kultury Współczesnej. W Archiwum Historycznym znajdują się dokumenty archiwalne pochodzące z różnych źródeł, szczególnie z archiwów prywatnych i rodzinnych. Najstarsze dokumenty pochodzą z XI wieku.