W wyniku tego, 2 stycznia 2003 Strażnica SG w Sejnach została rozformowana i ochraniany odcinek wraz z obsadą etatową przejęła Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Ogrodnikach (GPK SG w Ogrodnikach)Zarządzenie nr 058 Komendanta Głównego Straży Granicznej z dnia 13.12.2002 zmieniające zarządzenie w sprawie organizacji wchodzących w skład Straży Granicznej komend, strażnic, granicznych placówek kontrolnych, dywizjonów, pododdziałów odwodowych oraz ośrodków szkolenia w ramach III etapu realizacji programu dostosowania Straży Granicznej do standardów Schengen, polegającą na włączeniu wytypowanych strażnic w struktury gpk. W wyniku przeprowadzonej reorganizacji we wszystkich oddziałach SG 62 strażnice zostały włączone w struktury gpk..
Ochrona granicy W roku 1968, na odcinku placówki WOP Sejny funkcjonował polsko-radziecki punkt uproszczonego ruchu granicznego (PURG), w którym kontrolę graniczną i celną osób, towarów oraz środków transportu wykonywała załoga placówki: Punkt Uproszczonego Ruchu Granicznego Sejny.