W 1727, dzięki patronatowi bractwa nad świątynią, była ona nadal w dobrym stanie technicznym, a jej wyposażenie oceniono podczas wizytacji kanonicznej jako bogate. Wskazano, że nadal pozostawało na nim „sześć moskiewskich obrazów”, tj. ikon prawosławnych. Do 1797 parafia św. Mikołaja w Kleszczelach (jak i druga unicka placówka duszpasterska w tym mieście) pozostawała w strukturach unickiej diecezji włodzimiersko-brzeskiej. Następnie, do 1807, należała do dekanatu drohiczyńskiego unickiej diecezji supraskiej, a po jej likwidacji znalazła się w unickiej diecezji wileńskiej, także w dekanacie drohiczyńskim. W 1819 do placówki duszpasterskiej uczęszczało 2125 osób. W I połowie XIX w. zlikwidowana została parafia św. Jerzego w Kleszczelach, a cerkiew św. Mikołaja pozostała jedyną świątynią parafialną w miejscowości. Od 1835 znajdowała się w dekanacie bielskim diecezji wileńskiej, w dobrach państwowych. Przy świątyni istniała szkoła parafialna, co było rzadkością na ówczesnym Podlasiu (druga unicka szkoła parafialna działała w Hryniewiczach Dużych). Oferowano w niej naukę języka cerkiewnosłowiańskiego, języka polskiego, języka rosyjskiego, podstaw rolnictwa i ogrodnictwa, śpiewu cerkiewnego, arytmetyki. Istniała także biblioteka.