Wyposażenie cerkwi św. Mikołaja w XVIII–XIX w. było wyraźnie zlatynizowane, co odpowiadało ówczesnym tendencjom w rozwoju Kościoła unickiego, zgodnymi z wytycznymi synodu zamojskiego z 1720. Do zmiany tego stanu rzeczy przystąpił w latach 30. XIX w. konsystorz unickiej diecezji wileńskiej pod kierunkiem biskupa Józefa, przygotowując tym samym konwersję całej administratury na prawosławie. Latynizacja w Kleszczelach była przy tym mniej posunięta niż w większości innych podlaskich cerkwi. Świątynia była m.in. jednym z nielicznych unickich obiektów sakralnych na Podlasiu, w których nigdy nie rozebrano ikonostasu, pozostały w niej także ołtarz – Święty Stół (cs. prestoł) i stół ofiarny (cs. żertwiennik), nie było natomiast organów. Do cerkwi po synodzie zamojskim wstawiono natomiast ambonę. Chociaż ten element wyposażenia był obcy tradycji prawosławia rosyjskiego i powinien zostać w ramach delatynizacji usunięty, został w świątyni pozostawiony, gdyż według Józefa Siemaszki w obszerniejszych cerkwiach ambony nie przeszkadzały. W 1836 kleszczelowskiej cerkwi przekazano drukowane w Petersburgu księgi liturgiczne – służebnik i molebnik.