399–404; Pastor, vol. XIV, s. 284, 289–318.. Za jego czasów w Rzymie utworzono getto dla żydów, a wiosną 1556 w Ankonie komisarze Inkwizycji Rzymskiej skazali na stos 24 marranów podejrzanych o kryptojudaizmPastor, vol. XIV, s. 271–276; Del Col, s. 398; Black, s. 135–136..
Ponieważ rządy Pawła IV były bardzo niepopularne, po jego śmierci w 1559 doszło w Rzymie do rozruchów, w trakcie których tłum splądrował gmach Świętego Oficjum i zniszczył lub zrabował znaczną część jej dokumentacjiPastor, vol. XIV, s. 414–415; Decker, s. 95..
Śmierć Pawła IV i wstąpienie na tron papieski Piusa IV (1559–1565) doprowadziły do zmniejszenia wpływów Świętego Oficjum w Kurii Rzymskiej. Nowy papież, choć sam był jednym z kardynałów inkwizytorów, oddalił zarzuty wobec kardynała Morone, odwołał też część dekretów Pawła IV rozszerzających kompetencje inkwizycji na niektóre czyny nie związane bezpośrednio z herezjąDel Col, s. 416 i nast.; Pastor, vol. XVI, s. 305 i nast..