18 czerwca 1564 roku papież Pius IV nakazał lokalnym trybunałom przysyłanie regularnych raportów ze swej działalności na ręce wielkiego inkwizytora Ghislieriego. Stanowiło to istotny krok w procesie centralizacji inkwizycji rzymskiejDel Col, s. 759; Black, s. 115; Bethencourt, s. 55 (tu z błędną datą 1566).. 2 sierpnia 1564 Pius IV ostatecznie przekształcił Kongregację w stały organ Kurii RzymskiejPastor, vol. XVI, s. 312–313..
Pius IV doprowadził do końca obrady Soboru Trydenckiego. Po ich zakończeniu ogłosił nowy, uaktualniony Indeks dzieł zakazanych (1564)Del Col, s. 421–422; Black, s. 160.. Za jego pontyfikatu Kongregacja kontynuowała też procesy przeciwko hierarchom podejrzanym o sprzyjanie protestantyzmowiDel Col, s. 417–421.. Najbardziej znaczącym spośród tych hierarchów był francuski kardynał Odet de Coligny de Châtillon, który otwarcie przeszedł na kalwinizm. Został on potępiony 31 marca 1563 i pozbawiony urzędów i godności kościelnych, jednak Kongregacji nie udało się doprowadzić do jego aresztowania i ekstradycji przez FrancjęDel Col, s. 420–421..