(ponownie) 202112 grudnia 202193, 133Kraków Główny – Trzebinia – Oświęcim12 grudnia 202191, 624, 94Kraków Główny – Skawina (ponownie) 20221 października 202191, 624, 94Kraków Główny – Skawina – Przeciszów 202310 grudnia 202391, 624, 94Kraków Główny – Skawina – Oświęcim 202415 grudnia 202491, 624, 94, 97, 98, 99, 633, 625Kraków Główny – Zakopane
SKA Koleje Małopolskie obsługują połączenia Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej:
SKA1 Kraków Lotnisko – Kraków Główny – Wieliczka Rynek-Kopalnia SKA2 Oświęcim – Skawina – Kraków Główny – Sędziszów SKA3 Oświęcim – Trzebinia – Kraków Główny – Tarnów
Inne regularne połączenia Kraków Główny – Nowy Sącz Spółka obsługuje codzienne połączenie z Nowego Sącza do Krakowa. Przebieg trasy Km Nazwa przystanku Miejscowość 0,0 Kraków Główny Kraków1,2Kraków Grzegórzki 2,3 Kraków Zabłocie 4,1 Kraków Płaszów8,4Kraków Bieżanów 10,2 Kraków Złocień 18,4 Podłęże Podłęże21,6StaniątkiStaniątki 28,2 Kłaj Kłaj 38,0 Bochnia Bochnia 51,0 Brzesko Okocim Brzesko 73,9 Tarnów Mościce Tarnów 77,5 Tarnów 88,0 Łowczówek Pleśna Pleśna 98,3 Tuchów Tuchów 113,7 Bogoniowice Ciężkowice Bogoniowice/Ciężkowice 126,6 Bobowa Miasto