Sprzedaż biletów Bilety na przejazdy pociągami Kolejami Małopolskimi można zakupić w automatach biletowych w pojazdach i na stacjach, w kasach biletowych własnych na stacjach Tarnów i Oświęcim, w centrum obsługi klienta na dworcu Kraków Główny oraz w punktach sprzedaży biletów w Skawina i na Lotnisku w Balicach. Kasy własne przewoźnika prowadzą również wzajemną sprzedaż z innymi przewoźnikami. Bilet można nabyć również u obsługi pociągu oraz w różnych systemach elektronicznych. Pociągami można podróżować na podstawie biletu wspólnego 70-minutowego, którego emitentem jest MPK Kraków.
Obsługiwane połączenia mały|400px|Chronologia uruchamiania połączeń Kolei Małopolskich mały|400px|Siatka połączeń Kolei Małopolskich w sezonie 2017/2018 + Chronologia uruchamiania poszczególnych połączeń regularnych Data Nr linii kolejowej Połączenie 2014 14 grudnia 2014 91, 109 Kraków Główny – Wieliczka Rynek-Kopalnia 2015 28 września 2015 118 Kraków Główny – Kraków Lotnisko 13 grudnia 2015 8 Kraków Główny – Miechów – Sędziszów (do 11 grudnia 2016) 2016 11 grudnia 2016 91, 96, 105 Kraków Główny – Tarnów – Nowy Sącz – Krynica-Zdrój 2017 2 października 2017 91, 96, 108 Kraków Główny – Tarnów – Gorlice Zagórzany – Jasło 10 grudnia 2017 91, 624, 94 Kraków Główny – Kraków Podgórze – Skawina 10 grudnia 2017 8 Kraków Główny – Miechów – Sędziszów