Opisywano przygotowanie zawiesiny przez homogenizację i energiczne wytrząsanie w wodzie lub roztworze soli fizjologicznej, a następnie przecedzenie w celu usunięcia większych fragmentów materiału; w części doniesień opisano także zawieszanie (rozcieńczanie) próbki w jogurcie lub mleku.
W przypadku przygotowania preparatu do mrożenia zalecano porcjowanie i dodatek krioprotektantu (np. 10% glicerolu); w polskich rekomendacjach wskazano możliwość przechowywania materiału w temp. ok. −80 °C do 6 miesięcy, a w temp. −20 °C maksymalnie do 30 dni.
Podanie Materiał może być podany różnymi drogami, a wybór drogi wiąże się z odmiennym przygotowaniem biorcy oraz profilem ryzyka. W zaleceniach PTEiLChZ opisano podanie do górnego odcinka przewodu pokarmowego (m.in. gastroduodenoskopem głęboko do dwunastnicy, przez sondę dożołądkową/dodwunastniczą, a także przez PEG lub jejunostomię) oraz podanie do jelita grubego (preferencyjnie dokątniczo z użyciem kolonoskopu). Podanie w formie głębokiej wlewki doodbytniczej opisano jako możliwe, ale często wiążące się z szybkim wydaleniem materiału i gorszym efektem klinicznym niż podanie endoskopowe. Podkreślano, że w badaniach stosowano różne objętości zawiesiny oraz różne drogi podania, a porównania między protokołami są ograniczone m.in.