przez różnice w przygotowaniu biorcy i schematach okołozabiegowych.
PTEiLChZ wskazuje m.in., że zabieg powinien być wykonywany co najmniej 24 godziny po zakończeniu antybiotykoterapii CDI (Clostridioides difficile infection), a przy planowanym podaniu do żołądka zalecano podanie dwóch dawek inhibitora pompy protonowej (wieczorem w dniu poprzedzającym oraz rano w dniu zabiegu) oraz rozważenie jednorazowej dawki metoklopramidu bezpośrednio przed transferem. Przy podaniu wlewką doodbytniczą wskazano potrzebę wykonania lewatywy oczyszczającej. W przeglądzie piśmiennictwa opisywano również protokoły, w których biorca otrzymywał wankomycynę przed FMT, a ostatnia dawka bywała podawana najpóźniej w dniu poprzedzającym zabieg (w części protokołów wcześniej), a przy podaniu przez sondę żołądkową/dwunastniczą stosowano omeprazol przed zabiegiem.
Znieczulenie i sedacja przy podaniu W przypadku podań realizowanych w trakcie gastroduodenoskopii lub kolonoskopii stosuje się zasady kwalifikacji do sedacji, monitorowania i opieki pozabiegowej opisywane dla tych procedur endoskopowych.