W zaleceniach dotyczących endoskopii górnego odcinka przewodu pokarmowego wskazywano, że wykonanie diagnostycznej gastroskopii nie jest bezwzględnym wskazaniem do analgosedacji, natomiast rozważa się ją m.in. u dzieci, u pacjentów z istotnymi chorobami współistniejącymi oraz przy procedurach terapeutycznych bardziej złożonych i długotrwałych (np. zakładanie stomii).
Natomiast w przypadku kolonoskopii opisywano, że badanie może być wykonywane bez sedacji lub z dożylną analgosedacją (umiarkowaną albo głęboką); po analgosedacji podkreśla się potrzebę obserwacji pozabiegowej oraz zapewnienia osoby towarzyszącej w drodze do domu. Opisywano także krótkotrwałe znieczulenie ogólne.
Bezpieczeństwo W polskich rekomendacjach podkreślono, że długofalowe skutki FMT nie są w pełni poznane, a możliwość przeniesienia zakażeń lub innych niepożądanych następstw (nie tylko o charakterze zakaźnym) stanowi uzasadnienie dla szczegółowej kwalifikacji dawcy i badań przesiewowych materiału biologicznego. Wskazywano, że w dostępnym piśmiennictwie nie odnotowano zgonów, w których FMT uznano