Kamila (2015), Honorowy Tytuł Miłosiernego Samarytanina (2015), Nagroda Lider Ochrony Zdrowia (2015), Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (2015), Medal Honorowego Małopolanina (2015), Nagroda Naukowa PAU im. Mikołaja Kopernika i fundacji Rady Miasta Krakowa (2015), Tytuł Lidera Rynku Zdrowia (2016), Tytuł Honorowego Obywatela Miasta Proszowice, Tytuł Przyjaciela Piwnicy pod Baranami, Kawalera Piwnicznego Orderu Złotego Runa (2017), Tytuł Honorowego Obywatela Stołecznego, Królewskiego Miasta Krakowa (2018)Karolina Krawczyk, Prof. Janusz Skalski Honorowym Obywatelem Krakowa, Portal Medycyna Praktyczna, 5.06.2018.
Ponadto dwukrotnie, w 2013 i 2017 roku Klinika Kardiochirurgii Dziecięcej w Krakowie została wyróżniona pierwszą lokatą dla najlepszego ośrodka medycznego w kraju i zdobyła Złoty Skalpel, przyznawany przez Redakcję Pulsu Medycyny.
Członkostwo w towarzystwach naukowych Jest członkiem licznych stowarzyszeń naukowych w kraju i za granicą. Od 2011 roku jest członkiem Komisji Historii i Filozofii PAN, a od 2014 przewodniczącym Komisji Historii i Filozofii Medycyny O/PAN w Krakowie.