Działalność charytatywna Jest założycielem i prezesem Fundacji Schola cordis – wspierania kardiochirurgii dziecięcej (od 2008 roku). Od 2006 roku jest członkiem Rady Naukowej Fundacji Rozwoju Kardiochirurgii im. prof. Zbigniewa Religi w Zabrzu.
Od 2009 roku zorganizował szereg charytatywnych koncertów na rzecz doposażenia Kliniki Kardiochirurgii Dziecięcej w KrakowieCharytatywny koncert na rzecz kliniki kardiochirurgii dziecięcej prof. Janusza Skalskiego, Radio Kraków, 29.01.2017. Zbiórki pieniędzy organizowane i współorganizowane na szeroką skalę przez profesora Skalskiego pozwoliły na wyposażenie kliniki w nowoczesny sprzętHonorowi i Zasłużeni obywatele. Prof. dr hab. n. med. Janusz Skalski - Zasłużony dla Gminy i Miasta Proszowice, portal proszowice.pl, 21.05.2015.
Od 2016 roku współorganizuje w Krakowie biegi długodystansowe (Półmaratony Marzanny dla Małych Serc16. Krakowski Półmaraton Marzanny, portal Dystans Krakowski Klub Biegacza, Biegi Niepodległości, Biegi Sylwestrowe).
Życie prywatne Syn Janiny z Niedziałkowskich i Feliksa Skalskiego (był także dr med.). Od 1977 żonaty z Anną Skalską (geriatra, prof. UJ).