W finale piątego sezonu Doktor wraz z Amy oraz River odkrywają tajemnicę Pandoriki.

Jedenasty Doktor pojawia się później w spin-offie serialu, Przygody Sary Jane, w odcinku Śmierć Doktora, gdzie spotyka swoje dwie dawne towarzyszki, Sarę Jane Smith oraz Jo Jones (wcześniej Grant). Inkarnacja ta ma wówczas po raz pierwszy styczność z UNIT-em.

thumb|left|Matt Smith i Karen Gillan w Salford podczas sesji zdjęciowej reklamującej 6. serię serialu W odcinku Niemożliwy astronauta Amy, Rory i River dostają tajemnicze zaproszenia w niebieskich kopertach z długością i szerokością geograficzną. Gdy docierają na miejsce, okazuje się, że Doktor z przyszłości wezwał ich na świadka swej śmierci. W odcinku Prawie ludzie okazuje się, że Amy jest w ciąży, a w odcinku Dobry człowiek idzie na wojnę Doktor organizuje misję ratunkową dla porwanej przez odłam Zakonu Ciszy Amy z planetoidy Demons Run, gdzie urodziła córkę. W tym samym odcinku Doktor poznaje również prawdziwą tożsamość River Song. W odcinku Zabijmy Hitlera Doktor poznaje Mels, wcześniejsze wcielenie River, a w odcinku Kompleks Boga Doktor zostawia Amy i Rory'ego, będąc świadomym zbliżającej się śmierci. Rozpoczyna on tym samym swoją podróż pożegnalną, odwiedzając m.in. swojego dawnego przyjaciela, Craiga Owensa.