W odcinku Ślub River Song River tworzy alternatywną rzeczywistość, w której Doktor m.in. bierze ślub z nią. Na skutek różnych wydarzeń udaje się ostatecznie uchronić Doktora od śmierci, która została pokazana w odcinku Niemożliwy astronauta.
thumb|Jedenasty Doktor (Matt Smith) w odcinku Anioły na Manhattanie W odcinku świątecznym Doktor, wdowa i stara szafa Doktor podróżuje sam, dopiero w kolejnym odcinku, Planeta obłąkanych Daleków, Amy i Rory ponownie przeżywają wspólne przygody z Doktorem, gdyż zostają uprowadzeni wspólnie przez Daleków, którzy oczekują od Doktora pomocy. Bohaterowie poznają wtedy Oswin Oswald, młodą kobietę, która nieświadomie żyje jako Dalek. W kolejnym odcinku, Dinozaury w statku kosmicznym, poznaje ojca Rory'ego, Briana Williamsa. Postać Briana powraca także w odcinku w Potęga trójki, gdy Doktor wraz z Amy i Rorym współpracuje z córką Brygadiera Lethbridge-Stewarta, a zarazem szefową UNIT-u – Kate Steward i próbuje rozgryźć zagadkę sześcianów, które spadły na Ziemię. W odcinku Anioły na Manhattanie Doktor wraz z River jest świadkiem śmierci Amy i Rory'ego. Po tym wydarzeniu Doktor przebywa z Madame Vastrą, Jenny i Straxem w wiktoriańskim Londynie izolując się od świata i opłakując swych przyjaciół do czasu, gdy poznaje Clarę Oswin Oswald, wiktoriańską barmankę.