Mimo że w wyniku wypadku ona umiera, Doktor przypomina sobie Oswin Oswald i postanawia odkryć zagadkę ich istnienia. W odcinku Dzwony Świętego Jana Doktor odnajduje Clarę Oswald i zaczyna wraz z nią podróżować. Wraz z nią odwiedza m.in. Akhaten, sowiecką łódź podwodną czy Yorkshire w 1893 roku. W odcinku Imię Doktora Doktor wraz z Clarą, Vastrą, Jenny i Straxem trafiają na planetę Trenzalore, miejsca śmierci oraz grobu Doktora. Wtedy Wielka Inteligencja wchodzi do linii czasu Doktora i zamienia wszystkie zwycięstwa Doktora w porażki. By ratować sytuację, Clara również wchodzi do jego linii czasu i zyskuje przewagę nad Wielką Inteligencją.
W odcinku Dzień Doktora Doktor po raz drugi spotyka Kate Steward, a wraz z nią inną członkinię UNIT-u, Osgood. Podczas wydarzeń z tego odcinka Doktor po raz pierwszy od wielu lat ma styczność z Zygonami. Spotyka również swoje dwa poprzednie wcielenia, dziesiątego Doktora oraz Doktora wojny. Przy pomocy wszystkich swoich 13. wcieleń wysyła Gallifrey do innego wszechświata, ratując w ten sposób swoją planetę przed zagładą.