Z kolei 27 sierpnia 1991 podpisano trójstronne porozumienie w sprawie umożliwienia dobrowolnego powrotu burundyjskich uchodźców do ojczyzny, którego sygnatariuszami były rządy Burundi i Tanzanii oraz Wysoki Komisarz Narodów Zjednoczonych do spraw Uchodźców.
Zainicjowana przez Buyoyę liberalizacja systemu politycznego napotkała na opór ze strony ekstremistów z obu grup etnicznych. Radykałowie Tutsi byli przeciwni jakimkolwiek ustępstwom na rzecz Hutu, podczas gdy ekstremiści Hutu odrzucali każdy kompromis, który nie gwarantował ich rodakom pełnej i niepodzielnej władzy w państwie. W rezultacie na przełomie lat 80. i 90. sytuacja polityczna w Burundi pozostawała napięta, nierzadko dochodziło również do aktów przemocy na tle etnicznym. Dwukrotnie – w marcu 1989 oraz w marcu 1992 – władze obwieściły, iż udało im się zapobiec wojskowemu zamachowi stanu. Owe prawdziwe lub domniemane spiski dały prezydentowi Buyoyi pretekst do przeprowadzenia czystek w szeregach armii i administracji, osłabiających wpływy ekstremistów Tutsi. Tymczasem PALIPEHUTU oraz inne radykalne ugrupowania Hutu kontynuowały działalność konspiracyjną, oraz walkę zbrojną.