Największy kryzys miał miejsce jesienią 1991, kiedy to bojówki PALIPEHUTU przypuściły serię skoordynowanych ataków na obiekty wojskowe i policyjne w stolicy oraz w prowincjach Cibitoke i Bubanza (23/24 listopada 1991). Atakom towarzyszyły napady na cywilnych Tutsi, w których wyniku mogło ponieść śmierć nawet kilkaset osób. Rebelia została jednak szybko stłumiona, a wojsko wraz ze służbami bezpieczeństwa przystąpiło do rozprawy z wszystkimi prawdziwymi i domniemanymi zwolennikami PALIPEHUTU. Tym razem prezydent Buyoya nie pozwolił, aby represje całkowicie wymknęły się spod kontroli, jak to miało miejsce w Ntega i Marangara w sierpniu 1988. Niemniej w wyniku odwetowych masakr poniosło śmierć nawet do 3 tys. Hutu, w tym wiele kobiet i dzieci.
Masakry z listopada i grudnia 1991 nie zahamowały procesu demokratyzacji. Co więcej, definitywny koniec „zimnej wojny” oraz rosnąca presja Zachodu na reformy demokratyczne i wolnorynkowe w państwach Afryki zmusiły wkrótce Buyoyę do dalszych ustępstw wobec Hutu i opozycji politycznej. 13 marca 1992 uchwalona została nowa konstytucja, przywracająca system wielopartyjny, uwzględniająca zasady trójpodziału władzy i rządów prawa, a także gwarantująca obywatelom podstawowe prawa człowieka. Miesiąc później powołano nowy rząd, w którym Hutu objęli połowę stanowisk ministerialnych.