Struktura Prace badawcze i wdrożeniowe realizuje 10 zakładów: Zakład Betonu, Zakład Diagnostyki Nawierzchni, Zakład Ekonomiki, Zakład Geotechniki Zakład Fundamentowania, Zakład Mostów, Zakład Systemów Zarządzania i Telematyki, Zakład Technologii Nawierzchni, Ośrodek Badań Mostów, Betonów i Kruszyw, Filia „Wrocław”, Ośrodek Badań Mostów, Filia „Kielce”.
Na terenie Instytutu działa 14 laboratoriów akredytowanych: Laboratorium Betonu, Laboratorium Diagnostyki Nawierzchni, Laboratorium Geotechniki, Laboratorium Badań Pali, Pracownia Lepiszczy Bitumicznych, Pracownia Technologii Nawierzchni, Pracownia Chemii i Ochrony Środowiska, Laboratorium Badań Konstrukcji Mostowych, Zespół Diagnostyki i Napraw Mostów, Zespół Testów Zderzeniowych i Meteorologii Drogowej, Pracownia Mostów i Urządzeń Odwadniających, Pracownia Betonów i Kruszyw, Zespół Zabezpieczeń Antykorozyjnych Mostów, Laboratorium Badań Materiałów i Konstrukcji Mostowych TK-2.