W 1564 papież Pius IV potwierdził jurysdykcję inkwizytorów genueńskich nad całym terytorium Republiki Genui, a sześć lat później papież Pius V nadał inkwizytorom dochody z opactwa S. Andrea a Sestri Ponenti. W 1575 Kongregacja Świętego Oficjum przejęła od władz zakonnych prawo mianowania inkwizytorów Genui. Pierwszym inkwizytorem nominowanym przez Kongregację był Domenico Carlucci.
W latach 1609–1627 inkwizytorem Genui był Eliseo Masini, autor podręcznika dla inkwizytorów Sacro Arsenale: Ovvero Prattica dell’officio Della Santa Inquisitione.
W 1669 władze Republiki wygnały inkwizytora Michele Pio Passi, co zapoczątkowało ostry konflikt ze Stolicą Apostolską. Zakończył on się podpisaniem w 1677 konkordatu, na mocy którego odtąd w trybunale inkwizycyjnym miało zasiadać trzech świeckich „protektorów”.
Genueński trybunał inkwizycyjny został zniesiony prawdopodobnie przez władze utworzonej przez generała Napoleona Bonaparte Republiki Liguryjskiej, jednak nie zachował się żaden akt formalnie go rozwiązujący. Na podstawie zachowanej dokumentacji finansowej można określić prawdopodobny czas likwidacji na luty 1798.